Non facile sintetizzare tre millenni di presenza umana nel territorio muggesano attuale e quindi ci si limiterà a segnalare gli aspetti più significativi, lasciando a pubblicazioni specifiche la possibilità di approfondimento; a cominciare dagli inizi del secondo millennio a. C. ci sono solo sporadiche attestazioni a Stramare e Montedoro. Esemplificativo della frequentazione  di questo estremo lembo occidentale della penisola istriana ancora in Italia è l’abitato di  Elleri che sorge nella zona collinare interna; si tratta di un sito di lunga durata, caratterizzato da una cinta riferibile già al Bronzo medio 1600 a. C., l’occupazione della colina dura sino al IV sec. d. C. Il castelliere dominava un percorso dalla costa, dove sorgeva un abitato protostorico a Stramare,con relativo scalo verso l’interno. L’abitato  si espande nella  prima età del ferro, partecipando al fenomeno comune in Regione, dove, per altro proprio in quest’epoca chiudono i loro ciclo vitale molti castellieri, come ad esempio Montedoro, e ne sorgono altri. A Elleri viene costruita una nuova cinta caratterizzata anche da una nuova via di accesso; al X-IX sec. a. C. si fa risalire la necropoli ad incinerazione scoperta nelle vicinanze, dove accanto ad oggetti in bronzo pertinenti all’abbigliamento compare un particolare vaso biansato. Altri siti sono frequentati in quest’epoca  come monte San Michele e Muggia Vecchia.         Continua

La continuità di Elleri, tuttavia, sembra unica ed emerge nell’età della romanizzazione, IV- I  sec. a. C., quando quasi tutti gli altri castellieri hanno cessato di esistere; a quest’epoca  nei pressi dell’ingresso si realizza un vano trapezioidale con una fossa al centro, la sua copertura è sostenuta da pali infissi nel terreno. Successivamente l’ambiente  verrà utilizzato, dopo l’innalzamento della superficie interna, a scopo pubblico o meglio sacro come si potrebbe dedurre dall’iscrizione  di Fersimo, probabile teonimo di origine venetica legato allo scorrere dell’acqua, l’iscrizione,  rinvenuta nella macerie del recinto, è ascrivibile agli inizi del I sec. a. C. ed è probabilmente la più antica del territorio fra Trieste e l’Istria.
Per l’età romana a Elleri ci sono materiali sporadici che attestano la frequentazione del sito e i resti di una villa con mosaici nelle vicinanze. La tipologia abitativa per l’età romana nel territorio è  data da ville di cui si conoscono i materiali, spesso raccolti acriticamente; due di esse sono caratterizzate da  strutture per l’approdo; una si trovava su un terrazzamento alla foce del rio Ospo a Stramar, i materiali raccolti la collocano fra il I sec. a. C. e tutto il II sec. d. C.  Dell’altra nella zona tra Punta Sotile e Lazzaretto conosciamo il molo mentre della probabile villa che occupava l’area prospiciente la riva abbiamo solo notizie indirette attraverso i materiali segnalati nell’archivio Puschi. Altri insediamenti, forse ville, sorgevano nel territorio a Muggia Vecchia, Fernei, a Muggia stessa nei pressi della chiesa di San Francesco.
Per quanto attiene ai culti pagani del territorio c’è l’attestazione a Elleri di quello di Mitra, divinità misterica orientale, di cui è stata rinvenuta una stele, decorata eccezionalmente su entrambi i lati: uccisione del toro cosmico da parte Di Mitra, e banchetto tra il dio e il Sole alla presenza degli adepti mascherati secondo il grado d’iniziazione, ci rimane il corvo ed il soldato.
Per l’età tardo romana si hanno solo sporadiche attestazioni di materiali a Stramare e a Muggia Vecchia. Qui vasellame ceramico attesta un abitato con una chiesa, a cui vanno attribuiti alcuni elementi architettonici, ambone e leggio, capitelli timpano; forse l’estesa necropoli del vicino monte S. Michele, attribuibile in base ad alcuni reperti al VII- VIII sec. può essere attribuita a questo abitato che quale Castrum Muglae viene citato nell’atto di donazione al Patriarcato del 931.