Singolare per le linee eleganti e dinamiche della sua facciata, venerando per antichità fra le pievi e le collegiate dell'Istria, illustrato da un certo numero di documenti epigrafici e d'archivio, il Duomo di Muggia sorge sui resti di una precedente chiesetta a tre absidi (sec. XI-XII). Così ha cominciato la sua conversazione il Prof. Giuseppe Cuscito, Ordinario di Archeologia Cristiana presso il nostro Ateneo, e Autore di un volume sul Duomo di Muggia la cui pubblicazione è stata resa possibile da un contributo del Rotary Club di Muggia. Come l'antica Chiesa, anche l'attuale Duomo e' dedicato ai martiri romani Giovanni e Paolo, il culto dei quali si era qui diffuso attraverso Ravenna e Venezia. Si può dire che le origini del Duomo coincidano con quelle del Burgus Lauri (Borgolauro), cioè di Muggia medievale e moderna, dove dal sec. XI-XII la vita organizzata era andata lentamente trasferendosi a danno dell'insediamento di altura sulla collina di Castrum Muglae (Muggia Vecchia). Nel nuovo borgo infatti, posto sulla riva dell'estrema insenatura adriatica, si costituì, intorno al 1256, il libero Comune e il podestà, eletto dal consiglio cittadino secondo le norme statutarie, sostituì il gastaldo del patriarca di Aquileia, signore del luogo. Il nuovo insediamento urbano, chiuso entro la cerchia delle mura cittadine, che conservano ancora una delle nove torri quadrate di difesa e la più bella delle quattro porte (quella di levante) col leone di S. Marco, è dotato già dal sec. XIII di un Duomo rilevante e di un palazzo pubblico (più' volte rimaneggiati), che si affacciano sulla piazza maggiore. Il Duomo, dopo i numerosi rimaneggiamenti e restauri, subiti nel corso dei secoli, conserva ancora, come raro elemento di bellezza, la bianca facciata del Quattrocento.     continua

Essa, fu aggiunta alla chiesa duecentesca solo dopo la dedizione a Venezia (1420) e, con le eleganti forme del gotico veneziano, volto ormai al Rinascimento, ingentilisce la pesante struttura romanica del tempio.
Che il Duomo sorga sui resti di una precedente chiesetta a tre absidi, è noto fin dal 1939, quando, durante i lavori di rifacimento del pavimento, emersero i resti delle tre absidi, che furono fotografate, ma non rilevate. In quella occasione, inoltre, non fu fatta nessuna indagine stratigrafica, che è la procedura che, in archeologia, permette di procedere con metodo scientifico, alla ricerca e catalogazione dei reperti emersi durante lo scavo. Per questi motivi, oggi, non si conosce la struttura delle absidi precedenti, né i materiali, con i quali sono state costruite. Delle tre absidi, quella di destra fu completamente ricoperta dal cemento, durante i lavori di risanamento, effettuati nel 1939. Parti delle altre due sono riemerse, nelle ultime settimane, nel corso di uno scavo di saggio, effettuato in previsione di procedere ad un intervento di risanamento del pavimento e dell’altare, in cui esistono numerose efflorescenze, dovute alle infiltrazioni di acqua marina. Pertanto, si rendono necessari lavori di scavo e di impermeabilizzazione, con la creazione di una intercapedine, in grado di isolare il pavimento dal terreno sottostante.
Nel corso di questi interventi, l’intenzione degli studiosi è quella di procedere ad uno studio stratigrafico dei resti delle antiche absidiole. Si pensa, poi, di riprendere la loro posizione originale, disegnandola sul marmo del nuovo pavimento, anziché prevedere una struttura trasparente che permetterebbe la loro vista, ma che sarebbe gravata da costi non sostenibili. Proprio il reperimento dei fondi costituisce ancora una volta il problema critico. Il Rotary Club Muggia si è fatto promotore di una iniziativa rivolta a raccogliere 10.000 Euro tra i Club della Regione. Se questa iniziativa avrà successo un altro tassello, per quanto piccolo rispetto alle necessità complessive, sarà fornito dal Rotary muggesano alla comunità di appartenenza.